shootoff          letsplay

События в игре начинаются 28 сентября 1998 года и заканчиваются 1 октября 1998 года. Главное действующее лицо, член полицейского отряда "S.T.A.R.S." Джилл Валентайн пытается покинуть охваченный пожарами и наводнённый зомби город Раккун—сити. Джилл направляется к месту своей бывшей работы — полицейскому управлению и встречает там своего коллегу, — пилота "S.T.A.R.S." Брэда Викерса. На её глазах Викерс погибает от рук страшного чудовища Немезиды, творения корпорации Umbrella. В Umbrella полагают, что полицейским из "S.T.A.R.S." известна правда о деятельности корпорации в Арклейских горах и для устранения свидетелей Umbrella отрядила чудовище—мутанта Немезиса. Затем Джилл встречает солдат службы по противодействию биологическому заражению корпорации ("U.B.C.S.") — Карлоса Оливейра, Михаила Уоррена и Николая Зиновьева. Вместе с ними Джилл покидает опасный район на трамвае; по пути Николай пропадает, Михаил жертвует собой ради остальных, а Джилл и Карлос терпят крушение. Трамвай разбивается, и герои разделяются.

Джилл и Карлос находят друг друга в запланированной точке эвакуации — часовне. Джилл даёт сигнал вертолёту, позвонив в колокола, но Немезида уничтожает прилетевший вертолет и атакует Джилл. Ей удаётся одержать временную победу, однако Немезида заражает её вирусом. Уставшую и ослабленную, лишённую сознания Джилл находит Карлос. Он переносит её в безопасное место в часовне, а сам отправляется в расположенную неподалёку больницу на поиски вакцины. Как раз, в это самое время, начинаются события из игры Resident Evil 2 — Леон Скотт Кеннеди и Клэр Редфилд приезжают в город.

В больнице Карлос встречает Николая. Николай открывает ему свой секрет: на самом деле, он — супервайзер корпорации, и его задача — собрать информацию о способности солдат противостоять биологическому оружию. В больнице также укрывается раненый солдат "U.B.C.S." Тайрелл Патрик, который подрывает себя вместе с предателем Николаем. Однако, Николаю удаётся в последний момент выпрыгнуть в окно. Он минирует здание больницы, но Карлос добывает вакцину и успевает покинуть здание прежде, чем оно взорвалось. Невредимый, он возвращается в часовню к Джилл. Оказав ей помощь, он предупреждает Джилл о предателе и отправляется по своим делам. Джилл, в поисках пути выхода из города забредает в парк, где обнаруживает домик охраны с тайным опорным пунктом Николая. Здесь она узнаёт о планах корпорации относительно Раккун—сити. Тут появляется сам Николай, который рассказывает Джилл о своей миссии. Николай пытается убить Джилл, но ей удаётся ускользнуть. Однако, на её голову выпадает серьёзное испытание: гигантский червь, с которым приходится сражаться.

Оказавшись на заброшенной фабрике корпорации Umbrella, Джилл снова встречает Карлоса, который рассказывает ей о том, что город вскоре будет уничтожен ядерным ударом с воздуха по приказу правительства США, так как предпринятые меры по недопущению распространения вируса оказались бесполезными. Герои разделяются, чтобы найти выход из положения, и Джилл снова встречает Николая. Николай с удовольствием рассказывает ей о том, что он собственноручно убил остальных супервайзеров и теперь его ждёт огромная награда за собранные данные о Т—вирусе. Но здесь Николай либо погибает от рук Немезиса, либо угоняет вертолёт (но и здесь 2 варианта: либо он будет сбит, либо просто улетит). В этот момент включается оповещение системы безопасности, предупреждающее о том, что приближается ракета с ядерной боеголовкой и у персонала остаётся пятнадцать минут на эвакуацию. Джилл приходится сразиться с мутировавшей формой Немезиса, на этот раз чудовище уничтожается выстрелом из рельсотрона, после которого Джилл может добить Немезиса или оставить его умирать (если игрок не смог сделать выбор, то Немезис заразит Джилл перед смертью). Карлос вместе с Джилл находят вертолёт, либо прилетает Барри Бёртон и спасает их. Ракета достигает цели, и город Раккун—сити перестаёт существовать.