shootoff          letsplay

Действие игры происходит осенью 2003 года. Как следует из пролога, в конце первой части Макса арестовали, однако Альфред Уоден исполнил данное им обещание. Будучи сенатором, он, используя своё влияние, освободил Макса. Несмотря на обретённую свободу, Макс по—прежнему не может обрести душевный покой и равновесие: во снах и мыслях его продолжают преследовать тяжкие воспоминания о смерти семьи. Также Макс разочарован тем, что избежал правосудия.

Два года спустя он возвращается на работу в полицию Нью—Йорка обычным детективом в отдел по расследованию убийств. Во время очередного рутинного расследования он случайно сталкивается с Моной Сакс, наёмной убийцей, которую он считал погибшей. Это происходит в ходе перестрелки с некими "уборщиками" на складе своего бывшего приятеля Владимира Лема, где те убивают его любовницу и торговца оружием Энни Финн. Макс пытается поймать главаря "уборщиков" — некоего Кауфмана, но ему и оставшимся в живых "уборщикам" удается уйти.

Мона подозревается в убийстве сенатора Себастьяна Гейта, расследуемого детективом Валери Уинтерсон — новым напарником Макса. Пэйн отправляется к Владимиру Лему, купившему клуб "Рагнарек" и перестроившему его в ресторан "Водка". Там он обнаруживает банду Гоньитти. Разобравшись с бандитами Винни (самому Винни удаётся скрыться), Макс узнаёт от Влада, что за действиями банды "уборщиков", возможно, стоит сам Гоньитти, убирающий конкурентов в подпольной торговле оружием. Макс возвращается домой.

Некоторое время спустя к нему в квартиру приходит Мона и предупреждает, что их обоих "заказали". Тем временем, в дом врываются "уборщики", и Мона уходит, признав в появлении дома у Макса свою ошибку. Пытаясь выбраться, в одной из квартир Макс обнаруживает, что в последнее время за ним следили. Ему удаётся перебить приехавших "уборщиков". Вскоре после нападения, ему на рабочий телефон в полиции Нью—Йорка звонит Мона и сообщает, где её можно найти. Макс приходит к ней в заброшенный парк развлечений, где та оборудовала себе убежище. Мона сообщает, что во всём замешан Внутренний Круг и что она знает одного человека — Коркорана, который может рассказать о ситуации подробнее. Прибыв к нему (в верхний Ист—Сайд), Макс и Мона обнаруживают там "уборщиков", которые уже его убили. Макс при помощи Моны, оставшейся на ресепшене следить по камерам наблюдения за врагами, проходит по этажам, устраивая капитальную зачистку, и убивает Кауфмана — вероятного главаря "уборщиков". В этот момент приезжает полиция, и коллеги Макса арестовывают Мону.

Бравура отстраняет Макса от расследования. Встретившись с Моной в камере, Пэйн решает позвонить Уодену (старому сенатору, умирающему от рака). В это время в здании полиции происходит взрыв и вновь появляются "уборщики". Воспользовавшись возникшим беспорядком, Мона сбегает из "обезьянника". Макс пытается её догнать. На улице его подбирает Владимир Лем и отвозит к павильону ужасов. По дороге Влад говорит Максу, что знает про Внутренний Круг и про Мону лишь понаслышке. В павильоне ужасов Макс встречает Мону, где пара в порыве страсти пытается заняться любовью, но их прерывают появившиеся "уборщики". Преследуя их, главный герой прыгает на ходу в их же фургон и проникает в штаб—квартиру — огромную строительную зону. Он связывается с Моной через радионаушник, который получил от неё ещё во время приключений в Ист—Сайде. Сакс тоже проникает на стройку, и они вместе пробираются через недостроенный комплекс, убивая всех встречающихся "уборщиков", которые на самом деле оказались профессиональными наёмными убийцами из бывших коммандос. Пэйн заходит в комнату, заполненную ящиками со взрывчаткой, и один из коммандос по неосторожности стреляет в один из ящиков. Макс с боем выбирается из здания, но в конце концов падает в яму и на него следом падает несколько досок. Дальше игровым персонажем становится Мона. Она также пробирается по стройке, убивает нескольких уборщиков. Затем она прикрывает Макса, пока тот ищет выход со стройплошадки. Вскоре на стройку прибывает детектив Уинтерсон и целится ничего не подозревающей Моне в спину. Макс останавливает её. Мона уверяет Макса, что Уинтерсон заодно с наёмниками и приехала, чтобы убить её. Макс встаёт перед тяжёлым выбором.

Наконец, он стреляет в Уинтерсон, когда та пытается убить Мону, давая той уйти. Будучи тяжело раненной, Уинтерсон успевает несколько раз выстрелить Максу в спину, после чего тот сваливается со строительной конструкции большой высоты. По пути в больницу Уинтерсон умирает, а Макс невероятным образом остаётся в живых. Чтобы разделаться с ним, в больницу прибывает отряд коммандос из компании уборщиков. В одной из перестрелок ранят Джима Бравуру — шефа Макса. Пэйн убивает "уборщиков" и уходит из больницы.

Расправившись с наёмниками, Макс едет к Уодену и узнаёт, что за их действиями на самом деле стоит Владимир Лем: несмотря на то, что тот клялся, что завязал с преступностью и занялся ресторанным бизнесом, он на самом деле тайно управлял русской мафией в Нью—Йорке. Влад организовал группировку "уборщиков", чтобы устранить своих конкурентов, включая Винни Гоньитти, а затем расправиться и с Уоденом — своим бывшим учителем. Макс снова приезжает в ресторан Влада, но не находит его, а лишь ввязывается в перестрелку с его подчинёнными. В рабочем кабинете Влада Макс находит автоответчик и узнаёт о предательстве Уинтерсон, которая связалась с Владом перед приездом на стройку.

Владимир Лем пытается убрать Винни, используя хитрый план. Он закладывает взрывчатку в голову костюма Капитана Бейсбольной Биты — любимого героя Винни. Гоньитти надевает костюм и понимает, что если он снимет голову куклы, то взорвётся. Тем временем, "уборщики" штурмуют район, в котором обитала банда Винни, чтобы расправиться с ней раз и навсегда. Хотя Максу удаётся защитить Винни от убийц, ворвавшихся в его квартиру, и уйти от погони, они оба попадают в плен к Лему, отправившись на поиски Моны в павильон ужасов.

Лем насмехается над Максом, раскрывая невероятную тайну. Николь Хорн (убийца семьи Макса) и Лем были членами Внутреннего Круга, главой которого Лем хотел стать после смерти Уодена. Он рассказывает, что Мона — наёмный убийца, нанятый Уоденом, чтобы убить Макса и Лема. Лем также говорит, что именно Уоден послал секретные планы проекта "Вальхалла" жене Макса и, следовательно, виновен в её гибели. Макс не может в это поверить. Влад стреляет Максу в голову и нажимает кнопку на детонаторе, взрывая голову костюма Гоньитти. Здание охватывает пожар.

Лем оставляет Макса умирать в огне, но Мона спасает Пэйна. Понимая, что Влад направится к Уодену, чтобы убить его, Макс и Мона пробираются в особняк сенатора и с боем пробиваются через отряды "уборщиков", чтобы его защитить. Добравшись до его убежища, Мона вдруг признаётся Максу, что она была нанята Уоденом, чтобы "разобраться со всем этим дерьмом", включая Макса. Она наводит пистолет на Пэйна, но не может нажать на спусковой крючок, и только бьёт Макса рукояткой по голове. Неожиданно появляется Лем и стреляет Моне в спину. Уоден выбирается из своего бункера и просит прощения у Макса. После чего сенатор пытается задушить Влада, но тот стреляет ему в живот из крупнокалиберного пистолета. Макс в гневе бросается на Влада и после недолгой борьбы Лем взрывает бомбы, установленные по всему особняку. Макс преследует Влада по горящему и рушащемуся дому, попутно убивая оставшихся "уборщиков" и предавших Уодена телохранителей. Лем забирается на смотровую площадку в огромном зале и блокирует выход огнём, бросив коктейль Молотова, а затем бросает в Макса бомбы с часовым механизмом (тем самым постепенно разрушая межэтажное перекрытие). Макс обрушивает на платформу тяжёлый шпиль, висевший под потолком. Платформа падает на пол, начинается перестрелка между Максом и Лемом, в которой побеждает детектив. После последнего, смертельного выстрела, Владимир падает на несколько этажей вниз, а бутылки с коктейлем Молотова разбиваются. Тело Влада окутывает огонь.

Макс возвращается к Моне. Прибывает полиция. В зависимости от уровня сложности Мона умирает или же остаётся в живых, а мучения Макса наконец заканчиваются.